Apesar dos vários prêmios e o sucesso estrondoso de bilheteria, Bohemian Rhapsody ainda é perseguido por um legado cheio de polêmicas em relação ao diretor Bryan Singer. O protagonista improvável do filme, Rami Malek brigou com o diretor no set e já não havia agradecido o Singer na sua vitória como melhor ator no Globo de Ouro. Na sua vitória do BAFTA, o Oscar inglês, ele ignorou diretor mais uma vez e agradeceu Dexter Fletcher, o cineasta que substituiu Singer depois da sua demissão.

O diretor original de Bohemian Rhapsody vem sendo alvo de diversas denúncias de assédio sexual — algumas delas de menores de idade. As acusações foram publicadas pela revista The Atlantic e Singer reagiu a reportagem chamando a publicação de “homofóbica”.

O diretor, inclusive, estava indicado a um Bafta e deveria comparecer a cerimônia, mas a organização do prêmio cancelou a sua indicação por conta das denúncias de assédio. 

A polêmica do diretor com o filme do Queen começou há muito tempo. Singer gravou apenas metade do filme e foi demitido depois que ele simplesmente parou ir trabalhar sem avisar ninguém; O elenco e a equipe chegavam no set e o diretor não estava lá para comandar as filmagens. Atores e membros da equipe técnica também diziam que o comportamento de Singer no set não era dos melhores: ele se atrasava constantemente e brigava com várias pessoas.

A decisão final da demissão veio depois de uma briga grave com Malek, que terminou com Singer arremessando objetos na direção do protagonista do filme. Malek reclamou com aos produtores diversas vezes — alegando que faltava profissionalismo no diretor conhecido pela franquia X-Men. Um representante do sindicato dos diretores de Hollywood teve que ficar supervisionando o set de filmagens pois a tensão estava crescendo dia após dia..

Com alguns meses de trabalho para serem feitos, Singer foi demitido e Dexter Fletcher assumiu a direção de Bohemian Rhapsody. Em seu discurso na premiação inglesa, Malek agradeceu os produtores, o elenco, a banda e Fletcher; nenhuma menção a Singer.

Bohemian Rhapsody recebeu dois prêmios no Globo de Ouro 2019, e é, atualmente, a maior cinebiografia musical da história.